Pierwsza informacja o krakowskich organach pochodzi z lat, kiedy proboszczem w 1829 roku został pochodzący z Górnego Śląska ks. Karol Fryderyk Otremba, doktor filozofii i teologii. To za jego urzędowania obecna świątynia wyposażona została w nowe organy i nowy ołtarz. Ten pierwszy instrument o którym wiemy, pochodzi prawdopodobnie z 1844 lub 1846 roku. Zbudowała go firma Adolfa Lammerta z Wrocławia. Posiadał on 21 głosów, które podzielono między dwa manuały (klawiatury dla rąk) i pedał (klawiaturę dla nóg). Przypuszcza się, że I manuał posiadał 10 głosów, II - 8, a pedał 3 głosy. Stół gry był wolnostojący, mniejszy od obecnego, zatem muzyk - jak dzisiaj - siedział przodem do ołtarza. Traktura była pneumatyczna.

Te niewielkie organy spełniały przez kilka dziesięcioleci rolę instrumentu akompaniującego śpiewowi zborowników, a może i chórowi bądź solistom. Obecna zabytkowa szafa organowa pochodzi prawdopodobnie także z tego okresu. Przypuszczać można, że organy zbudowane były solidnie, gdyż generalny remont przeprowadzono dopiero po ponad 80-ciu latach. Wymieniono wówczas sporo zużytych elementów, zabudowano nowe miechy, elektryczną dmuchawę powietrza, nie zmieniono natomiast głosów, czyli brzmienia instrumentu (co czasem niefortunnie się zdarza). Pracę tę w latach 1930-1933 wykonała firma Wacława Biernackiego z Warszawy. Wówczas proboszczem był ks. Wiktor Niemczyk, później profesor i rektor Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie.

W latach II wojny światowej, jak w wielu kościelnych instrumentach, także w Krakowie u świętego Marcina zabrano część metalowych piszczałek na cele wojenne. Po wojnie, około 1945 roku, wymieniono wolnostojący stół gry na nowy, większy od poprzedniego, uzupełniono brakujące piszczałki, co łączyło się z ogólnymi pracami konserwatorskimi.

[...]

- Ogólnie rzecz ujmując historycznym założeniem tej pierwszej było szerokie spopularyzowanie jej wśród księży i wiernych. To muzyka przystępna i zrozumiała dla ogółu. Śpiewy te wprowadzono w językach narodowych, a niektóre pieśni oparte były i na melodiach ludowych. Liturgiczna muzyka katolicka przez wiele wieków była wykonywana głównie przez zespół wokalny (chór) w języku łacińskim. Jej podstawową wartością był chorał gregoriański, który na początku XX wieku uważany był za ideał muzyki kościelnej. Obecni w kościele skazani byli na słuchanie tych niezrozumiałych, trudnych dla nich śpiewów. Lud nie zawsze był dopuszczony do śpiewania ulubionych pieśni zwrotkowych w języki narodowym. Natomiast w liturgii prawosławnej zgromadzeni w kościele najczęściej śpiewają jedynie Ojcze nasz i Wierzę w Boga Ojca, zaś zespół wokalny (chór) oraz przewodnik (dyrygent) wykonują różne fragmenty liturgii na zmianę, głównie Listów Apostolskich. Śpiewy wykonywane są w języku starocerkiewnosłowiańskim. W czasie pielgrzymek śpiewane są również pieśni zwrotkowe. W cerkwi śpiewa się a cappella, czyli bez towarzyszenia organów, gdyż ich tam nie ma.